Structure of the full-length Clostridium difficile toxin B in complex with 3 VHHs

Structure of the full-length Clostridium difficile toxin B.

MSLVNRKQLEKMANVRFRVQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDTYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLV
IEILELKNSNLTPVEKNLHFIWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTIIESASNDTLESFREN
LNDPEFNHTAFFRKRMQIIYDKQQNFINYYKAQKEENPDLIIDDIVKTYLSNEYSKDIDELNAYIEESLNKVTENSGNDV
RNFEEFKTGEVFNLYEQELVERWNLAGASDILRVAILKNIGGVYLDVDMLPGIHPDLFKDINKPDSVKTAVDWEEMQLEA
IMKHKEYIPEYTSKHFDTLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFLPLGDIEVSPLEVKIAFAKGSIINQALISAKDSYCSDLL
IKQIQNRYKILNDTLGPIISQGNDFNTTMNNFGESLGAIANEENISFIAKIGSYLRVGFYPEANTTITLSGPTIYAGAYK
DLLTFKEMSIDTSILSSELRNFEFPKVNISQATEQEKNSLWQFNEERAKIQFEEYKKNYFEGALGEDDNLDFSQNTVTDK
EYLLEKISSSTKSSERGYVHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKNPYDSILFQKNIEDSEVAYYYNPTDSEIQEIDKYRIPDR
ISDRPKIKLTFIGHGKAEFNTDIFAGLDVDSLSSEIETAIGLAKEDISPKSIEINLLGCNMFSYSVNVEETYPGKLLLRV
KDKVSELMPSMSQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKIIVKSKNLPELST
LLQEIRNNSNSSDIELEEKVMLAECEINVISNIETQVVEERIEEAKSLTSDSINYIKNEFKLIESISDALCDLKQQNELE
DSHFISFEDISETDEGFSIRFINKETGESIFVETEKTIFSEYANHITEEISKIKGTIFDTVNGKLVKKVNLDTTHEVNTL
NAAFFIQSLIEYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPIIATIIDGV
SLGAAIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTTATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELVLRDKATK
VVDYFKHVSLVETEGVFTLLDDKVMMPQDDLVISEIDFNNNSIVLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSITYREPH
LSIYDVLEVQKEELDLSKDLMVLPNAPNRVFAWETGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDNYEGEFYWRYFAFIADALITTLK
PRYEDTNIRINLDSNTRSFIVPIITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMGINIELSESDVWIIDVDNVVRDVTIES
DKIKKGDLIEGILSTLSIEENKIILNSHEINFSGEVNGSNGFVSLTFSILEGINAIIEVDLLSKSYKLLISGELKILMLN
SNHIQQKIDYIGFNSELQKNIPYSFVDSEGKENGFINGSTKEGLFVSELPDVVLISKVYMDDSKPSFGYYSNNLKDVKVI
TKDNVNILTGYYLKDDIKISLSLTLQDEKTIKLNSVHLDESGVAEILKFMNRKGSTNTSDSLMSFLESMNIKSIFVNFLQ
SNIKFILDANFIISGTTSIGQFEFICDENNNIQPYFIKFNTLETNYTLYVGNRQNMIVEPNYDLDDSGDISSTVINFSQK
YLYGIDSCVNKVVISPNIYTDEINITPVYETNNTYPEVIVLDANYINEKINVNINDLSIRYVWSNDGNDFILMSTSEENK
VSQVKIRFVNVFKDKTLANKLSFNFSDKQDVPVSEIILSFTPSYYEDGLIGYDLGLVSLYNEKFYINNFGMMVSGLIYIN
DSLYYFKPPVNNLITGFVTVGDDKYYFNPINGGAASIGETIIDDKNYYFNQSGVLQTGVFSTEDGFKYFAPANTLDENLE
GEAIDFTGKLIIDENIYYFEDNYRGAVEWKELDGEMHYFSPETGKAFKGLNQIGDDKYYFNSDGVMQKGFVSINDNKHYF
DDSGVMKVGYTEIDGKHFYFAENGEMQIGVFNTEDGFKYFAHHNEDLGNEEGEEISYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGW
KDLEDGSKYYFDEDTAEAYIGLSLINDGQYYFNDDGIMQVGFVTINDKVFYFSDSGIIESGVQNIDDNYFYIDDNGIVQI
GVFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVGEDVYYFGETYTIETGWIYDMENESDKYYFDPETKKACKGINLID
DIKYYFDEKGIMRTGLISFENNNYYFNENGEMQFGYINIEDKMFYFGEDGVMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGES
INYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISEHHHHHH

SNSQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCEASGFTLDYYGIGWFRQPPGKEREAVSYISASARTILYADSVKGRFTISRDNAKN
AVYLQMNSLKREDTAVYYCARRRFSASSVNRWLADDYDVWGRGTQVAVSSEPKTPKPQTSGAPVPYPDPLEPR

SNSQVQLVESGGGLVQTGGSLRLSCASSGSIAGFETVTWSRQAPGKSLQWVASMTKTNNEIYSDSVKGRFIISRDNAKNT
VYLQMNSLKPEDTGVYFCKGPELRGQGIQVTVSSEPKTPKPQTSGAPVPYPDPLEPR

SNSQVQLVESGGGLVEAGGSLRLSCVVTGSSFSTSTMAWYRQPPGKQREWVASFTSGGAIKYTDSVKGRFTMSRDNAKKM
TYLQMENLKPEDTAVYYCALHNAVSGSSWGRGTQVTVSSEPKTPKPQTSGAPVPYPDPLEPR

0.1 M sodium acetate,
0.1M magnesium acetate,
and 5% PEG 8K (final pH 5.2)

National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)

MSLVNRKQLEKMANVRFRVQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDTYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLV
IEILELKNSNLTPVEKNLHFIWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTIIESASNDTLESFREN
LNDPEFNHTAFFRKRMQIIYDKQQNFINYYKAQKEENPDLIIDDIVKTYLSNEYSKDIDELNAYIEESLNKVTENSGNDV
RNFEEFKTGEVFNLYEQELVERWNLAGASDILRVAILKNIGGVYLDVDMLPGIHPDLFKDINKPDSVKTAVDWEEMQLEA
IMKHKEYIPEYTSKHFDTLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFLPLGDIEVSPLEVKIAFAKGSIINQALISAKDSYCSDLL
IKQIQNRYKILNDTLGPIISQGNDFNTTMNNFGESLGAIANEENISFIAKIGSYLRVGFYPEANTTITLSGPTIYAGAYK
DLLTFKEMSIDTSILSSELRNFEFPKVNISQATEQEKNSLWQFNEERAKIQFEEYKKNYFEGALGEDDNLDFSQNTVTDK
EYLLEKISSSTKSSERGYVHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKNPYDSILFQKNIEDSEVAYYYNPTDSEIQEIDKYRIPDR
ISDRPKIKLTFIGHGKAEFNTDIFAGLDVDSLSSEIETAIGLAKEDISPKSIEINLLGCNMFSYSVNVEETYPGKLLLRV
KDKVSELMPSMSQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKIIVKSKNLPELST
LLQEIRNNSNSSDIELEEKVMLAECEINVISNIETQVVEERIEEAKSLTSDSINYIKNEFKLIESISDALCDLKQQNELE
DSHFISFEDISETDEGFSIRFINKETGESIFVETEKTIFSEYANHITEEISKIKGTIFDTVNGKLVKKVNLDTTHEVNTL
NAAFFIQSLIEYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPIIATIIDGV
SLGAAIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTTATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELVLRDKATK
VVDYFKHVSLVETEGVFTLLDDKVMMPQDDLVISEIDFNNNSIVLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSITYREPH
LSIYDVLEVQKEELDLSKDLMVLPNAPNRVFAWETGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDNYEGEFYWRYFAFIADALITTLK
PRYEDTNIRINLDSNTRSFIVPIITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMGINIELSESDVWIIDVDNVVRDVTIES
DKIKKGDLIEGILSTLSIEENKIILNSHEINFSGEVNGSNGFVSLTFSILEGINAIIEVDLLSKSYKLLISGELKILMLN
SNHIQQKIDYIGFNSELQKNIPYSFVDSEGKENGFINGSTKEGLFVSELPDVVLISKVYMDDSKPSFGYYSNNLKDVKVI
TKDNVNILTGYYLKDDIKISLSLTLQDEKTIKLNSVHLDESGVAEILKFMNRKGSTNTSDSLMSFLESMNIKSIFVNFLQ
SNIKFILDANFIISGTTSIGQFEFICDENNNIQPYFIKFNTLETNYTLYVGNRQNMIVEPNYDLDDSGDISSTVINFSQK
YLYGIDSCVNKVVISPNIYTDEINITPVYETNNTYPEVIVLDANYINEKINVNINDLSIRYVWSNDGNDFILMSTSEENK
VSQVKIRFVNVFKDKTLANKLSFNFSDKQDVPVSEIILSFTPSYYEDGLIGYDLGLVSLYNEKFYINNFGMMVSGLIYIN
DSLYYFKPPVNNLITGFVTVGDDKYYFNPINGGAASIGETIIDDKNYYFNQSGVLQTGVFSTEDGFKYFAPANTLDENLE
GEAIDFTGKLIIDENIYYFEDNYRGAVEWKELDGEMHYFSPETGKAFKGLNQIGDDKYYFNSDGVMQKGFVSINDNKHYF
DDSGVMKVGYTEIDGKHFYFAENGEMQIGVFNTEDGFKYFAHHNEDLGNEEGEEISYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGW
KDLEDGSKYYFDEDTAEAYIGLSLINDGQYYFNDDGIMQVGFVTINDKVFYFSDSGIIESGVQNIDDNYFYIDDNGIVQI
GVFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVGEDVYYFGETYTIETGWIYDMENESDKYYFDPETKKACKGINLID
DIKYYFDEKGIMRTGLISFENNNYYFNENGEMQFGYINIEDKMFYFGEDGVMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGES
INYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISE